Le pilotage du LabEx IMobS³ est adossé aux trois entités suivantes:

- Le Comité Consultatif international : Ce comité, composé de représentants de renommée internationale, a pour vocation de porter un regard neutre extérieur. A travers l'analyse des activités du LabEx, ces personnalités de haut rang scientifique sont régulièrement (tous les 3 à 4 ans) invités à formuler des recommandations concernant l'orientation et le devenir stratégique du projet IMobS³.

- Le Conseil d'Orientation Stratégique : c'est l'autorité décisionnelle du LabEx IMobS³. Il est placé sous la responsabilité du président de l'Université Clermont-Auvergne (établissement porteur). Il est composé de représentants des tutelles, des partenaires économiques (grands groupes industriels, PME et pôle de compétitivité), des représentants des collectivités territoriales (Région Auvergne Rhône Alpes, Clermont Auvergne Métropole). Ce conseil est en charge de la nomination du directeur, le suivi des actions planifiées ainsi que des orientations stratégiques notamment sur la base des recommandations fournies par le comité consultatif international. Le directeur d’IMobS³ est invité permanent pour présenter l'avancée du projet et des propositions d'actions nouvelles. 

- Le Comité de Pilotage : composé du directeur du LabEx, des responsables des défis et des représentants des laboratoires partenaire. C’est le niveau opérationnel. Il est en charge de la mise en œuvre de la politique de recherche, de formation et de transfert. Il présente annuellement un bilan du projet et propose des actions nouvelles au Conseil d’Orientation Stratégique.